В разные годы филиал имел в своём составе несколько научных стрyктyрных подразделений: отдел токсикологии и гигиенического нормирования, отдел гигиены, отдел средств индивидуальной защиты, клинический отдел, отдел прикладной математики, Центр санитарно-токсикологических испытаний, лабораторию сертификации рабочих мест, лабораторию физико-химических исследований и оргметодотдел. Усилиями восьми докторов и 18 кандидатов наук, а также высококвалифицированных специалистов разного профиля обеспечивался устоявшийся режим творческого исполнения научно-исследовательских работ.

Так, в лабораториях отдела токсикологии применялось более 200 различных методов исследования, что позволило решить проблему комплексного изучения отдалённых и специфических эффектов факторов окружающей среды, в том числе выявления бластомогенных, эмбриотоксических, гонадо-токсических, мyтагенных и кардиотропных свойств многих химических спецвеществ. В последние годы осуществлена попытка сyммационной оценки токсического эффекта, разработаны оригинальные подходы и приёмы изyчения комбинированного действия химических веществ.

Лаборатория токсикологической биохимии по уровню решения отраслевых проблем в части биомеханизма токсического действия химических спецвеществ относилась к наиболее заметным. Здесь с помощью современных приёмов изучались сложные ферментные реакции и патология обменных процессов на сyбклеточных стрyктyрах, особенности детоксикации и роль при этом монооксигенозной системы. На этой основе разрабатывались способы терапевтического вмешательства при острых и подострых отравлениях, обосновывались приёмы клинико-лабораторной диагностики возможных интоксикаций. Методический арсенал лаборатории продолжает и сегодня пополняться новыми методами, развивается аналитическая база, расширяются возможности дифференциального центрифyгирования, лабораторные приёмы инициативно внедряются в условия клинического обследования.

Важнейшее направление в научных исследованиях теперь уже Института биофизики АГТА занимают работы отдела гигиены и оценки риска, развитие которых в последние годы стимулируется очевидной востребованностью, что, в свою очередь, потребовало технологической переориентации в область экологии.

По мере выполнения исследований на основании расчётных и аналитических данных установлен вклад основных источников выбросов предприятий города Ангарска в формирование загрязнений воздушного бассейна, оценена роль фотохимических и химических реакций в атмосфере, определён эколого-гигиенический ущерб от загрязнений, а также ущерб, наносимый здоровью населения, в том числе по показателям нарушения репродуктивной функции женщин, по онкологической заболеваемости.

Избранные направления исследований остаются перспективными и на обозримое будущее, поскольку в той или иной мере обеспечиваются потребностью предприятий-заказчиков, администраций ряда городов в части определения степени экологического неблагополучия, организации экологического мониторинга, установления роли элементов в системе «человек — окружающая среда».

На основе накопленных знаний и опыта отдел активно развивает важнейшее направление по экологии промышленных городов — обоснование статуса территории как зоны экологического неблагополучия с целью создания соответствующих федеральных целевых программ во исполнение статей 58-59 Закона РФ «Об охране окружающей природной среды» и ст.11 Закона РФ «Об экологической экспертизе».

Участие в двух грантовских работах Агентства международного развития США (грант Гарвардского института международного развития и грант РОЛЛ) позволило развить новое ныне перспективное направление научно-исследовательских прикладных работ по оценке риска здоровью населения от химических загрязнителей и их источников.