В вопросе, связанном с выборами нового ректора ИрНИТУ, Мин-обрнауки РФ отличилось непостоянством. Напомним, что выборы ректора, запланированные на 30 сентября, по распоряжению министерства были отменены в ночь перед конференцией. Тогда руководство вуза решило перенести выборы на 14 октября. Но эту инициативу Минобрнауки не поддержало. Сотрудники ИрНИТУ получили письмо, в котором министерство настаивало на проведении новой процедуры выдвижения кандидатур и новых выборах ректора университета в 2017 году. В дополнение к этому учредитель потребовал, чтобы исполняющий обязанности ректора ИрНИТУ доктор физико-математических наук, профессор Александр Афанасьев с 13 октября был освобождён от своих обязанностей.

Учёный совет 11 октября оперативно подготовил письменное обращение к министру образования и науки РФ Ольге Васильевой с просьбой назначить и.о. ректора Михаила Корнякова – преемника Афанасьева. По информации пресс-службы ИрНИТУ, учёный совет  счёл, что профессор, доктор технических наук Михаил Корняков наиболее подготовлен для исполнения обязанностей, пользуется авторитетом и поддержкой в коллективе. Члены совета уверены, что он сможет квалифицированно обеспечить учебный, научно-исследовательский процессы, подготовить вуз к выборам ректора и сохранить стабильность в ИрНИТУ.

Изначально на пост ректора претендовали шесть кандидатов. Корняков является одним из четырёх претендентов, выдвинутых структурными подразделениями университета, но не согласованных аттестационной комиссией Минобрнауки. Среди них числился также проректор по научной работе Иркутского государственного университета путей сообщения Сергей Каргапольцев, чья кандидатура была поддержана губернатором Иркутской области. В мае Сергей Левченко направил прежнему министру образования и науки РФ Дмитрию Ливанову обращение, в котором порекомендовал назначить ректором ИрНИТУ именно Каргапольцева. Однако аттестационная комиссия Минобрнауки РФ согласовала только кандидатуры Александра Афанасьева и проректора по социальной и воспитательной работе ИрНИТУ доктора технических наук Андрея Пашкова. Постоянным ректором должен был стать кто-то из них.

Несмотря на то что Афанасьев 7 октября получил предупреждение о снятии с поста, 17 октября Минобрнауки РФ отозвало своё решение об освобождении его от должности и.о. ректора. Предполагалось, что до выборов он останется главой университета. Но не прошло и двух дней, как 19 октября учредитель направил руководству вуза новое письмо, противоречащее предыдущему. В нём сообщалось, что полномочия Александра Афанасьева в должности ректора должны быть прекращены 20 октября.

В понедельник, 24 октября, стало известно, что новым и.о. ректора стал Михаил Корняков, как этого хотели члены учёного совета вуза. В пресс-службе ИрНИТУ нас заверили, что сотрудники университета назначением довольны. Сам Михаил Корняков пока отказывается от комментариев.