В начале декабря 2007 года Росприроднадзор России направил в арбитражный суд Иркутской области иск с требованием приостановить работу Байкальского ЦБК в связи с истечением 3 ноября сроков действия лицензий на использование водного объекта. По результатам проверки замглавы данного ведомства Олега Митволя, концентрация отдельных загрязняющих веществ в стоках предприятия превышена в 12 раз по сравнению с нормативом.

5 сентября 2008 года была начата тестовая эксплуатация системы замкнутого водооборота комбината (технология позволяет очищать сбросы на 98 %), сброс неочищенных стоков прекращён.

2 октября 2008 года предприятие перешло на замкнутый водооборот. Однако, экологи считают, что это не решит проблемы загрязнения Байкала. При этом было прекращено производство вискозной беленой целлюлозы, которую при замкнутом цикле водооборота производить невозможно.
Тем не менее, помимо Байкальского ЦБК, на реке Селенге, впадающей в Байкал, остаётся несколько предприятий, осуществляющих сброс сточных вод, в итоге загрязняющих озеро. При этом даже по состоянию на 2005 год вода из Байкала была пригодной для питья в сыром виде.

6 ноября 2008 года Арбитражный суд Иркутской области вынес решения по Делу № А19-18235/07-23 о приостановлении деятельности ОАО «Байкальский ЦБК», и по Делу № А19-1004/08-54 о возмещении вреда окружающей среде ОАО «Байкальский ЦБК» по заявлениям Росприроднадзора в пользу БЦБК, в удовлетворении заявленных требований отказано.

13 января 2010 года постановлением правительства №1 "О внесении изменений в перечень видов деятельности, запрещенных в центральной экологической зоне Байкальской природной территории" В.Путин легализовал работу БЦБК.