Лицензионные соглашения на три участка углеводородов (Ангаро-Ленский, Левобережный и Правобережный), которые принадлежат «Петромиру» и на территории которых расположено месторождение, были упомянуты в июле в материалах Федеральной службы по надзору в сфере природопользования. Предполагалось, что в июле-августе их рассмотрит комиссия Росприроднадзора о направлении в Роснедра предложений по досрочному прекращению лицензий. При этом точную дату заседания комиссии в пресс-службе ведомства не назвали, равно как и оснований для отзыва лицензии, заметив лишь, что результаты заседания будут опубликованы на официальном интернет-портале службы. Аналитики ещё в тот момент высказывали сомнения, что «Петромир» лишится лицензии. Объяснялось это тем, что компания подконтрольна структурам нефтетрейдера Геннадия Тимченко, совладельца группы Gunvor и ОАО «Стройтрансгаз». 

В начале сентября Пётр Фонин сообщил корреспонденту «Сибирского энергетика», что руководитель Росприроднадзора Владимир Кириллов направил в его адрес письмо, где было сказано, что вопрос об отзыве лицензии будет рассматриваться, но не были уточнены сроки рассмотрения. При этом глава «Петромира» признал, что компания допустила незначительные нарушения соглашения, вызванные кризисом 2008 года. «Мы пытались привести лицензии на Правобережный и Левобережный участки в соответствие с соглашением по Ангаро-Ленскому, так как они представляют единый комплекс, но Министерство природных ресурсов не пошло нам навстречу и сказало работать в пределах тех сжатых сроков, которые есть», – отметил предприниматель. В частности, компания должна начать разработку Левобережного и Правобережного участков в 2013 году, а с 2015 года – добывать газ на Ангаро-Ленском участке; начало их промышленной эксплуатации  запланировано в 2016 и 2018 годах соответственно. 

Позднее лицензии, принадлежащие «Петромиру», в материалах Росприроднадзора не упоминались. О них не сказано в информационных таблицах ведомства ни за октябрь, ни за ноябрь, ни за декабрь 2010 года. По словам Петра Фонина, угрозы отзыва лицензий больше нет. «Этот вопрос уже просто не стоит», – ответил он на вопрос о том, получала ли компания официальное уведомление об этом от Росприроднадзора. Между тем таким образом заканчивается уже второй конфликт компании с ведомством. Первый раз на внеплановой проверке «Петромира» настоял заместитель руководителя Росприроднадзора Олег Митволь (после этого поста он с июля 2009 года до октября 2010 года руководил Северным округом Москвы. – «СЭ»), усомнившийся в достоверности поставленных на государственный баланс в январе 2007 года запасов Ангаро-Ленского месторождения, которые по категории С1 (разведанные) составляют 1,512 млрд. куб. м газа и 0,077 млн. тонн конденсата, а по категории С2 (предварительно оценённые) – 1220,1 млрд. куб. м и 61,786 млн. тонн соответственно. В ходе проверки были выявлены незначительные нарушения условий лицензии, в том числе сроков рекультивации земель и их сдачи постоянному недропользователю, кроме того, отсутствовал акт о ликвидации одной из поисковых скважин. Однако их признали недостаточным основанием для отзыва лицензии или взыскания штрафа с компании.