В результате эксгумации тела умершего ребёнка и нескольких экспертиз в Иркутске, Красноярске и Москве гособвинению так и не удалось доказать, что Байбородина поила детей «неизвестными препаратами». Иными словами, в биологических образцах, представленных на исследование, никаких следов психотропных или иных сильнодействующих препаратов обнаружено не было. Поэтому в марте этого года, когда в Иркутск пришли данные последней экспертизы, дело было тихо переквалифицировано с «причинения смерти по неосторожности» на «оказание услуг, не отвечающих требованиям безопасности». 

Гособвинение настаивало, что у подсудимой «с целью извлечения постоянной материальной выгоды» «возник умысел, направленный на оказание услуг, не отвечающих требованиям безопасности», для чего она, начиная с 1999 года, устроила у себя дома в Академгородке частный детский сад для детей до шести лет – в соответствии с устной договорённостью с родителями и за вознаграждение 5–7 тысяч рублей. 13 августа, с восьми до четырнадцати часов, Байбородина осуществляла взятые на себя устные обязательства по уходу за двенадцатью детишками, среди которых шестеро были братьями и сёстрами из трёх семей.

При этом, по версии гособвинения, подсудимая сознавала общественно опасный характер своих действий, так как не создала бе­зопасные условия этим детям. А именно: в квартире была недостаточная площадь помещения для нахождения в ней такого количества несовершеннолетних; отсутствовали пищеблок на кухне и медицинский работник в штате; отсутствовала документация о безопасности пищевых продуктов; не были организованы санитарно-противо­эпидемиологические мероприятия; установлено наличие условно-патогенной микрофлоры­ в квартире. Кроме того, Байбородина не разместила в квартире бытовые термометры для контроля за температурой, содержала в квартире домашних животных, но не оборудовала квартиру шкафчиками, крючками и вешалками для верх­ней одежды и обуви, не предоставила воспитанникам индивидуальные горшки. А также готовила пищу в немаркированной посуде (на кастрюлях не были нанесены надписи «Первое блюдо», «Второе блюдо» и «Компот») и не оставляла суточные пробы ото всех приготовленных блюд.

В связи с этими многочисленными нарушениями гособвинение просило суд назначить наказание в виде реального срока и просило для Байбородиной год в колонии общего режима. Однако суд учёл многочисленные и исключительно положительные характеристики подсудимой от соседей, с работы и от участкового инспектора, отсутствие судимостей и даже ходатайство от родителей трёх детей, ходивших в этот мини-сад, с просьбой о снисхождении.

На вопрос судьи Лобача, не желает ли подсудимая сказать что-то потерпевшей Гусельниковой, принести ей извинения, Вера Байбородина, сдерживая рыдания, сказала:

– Ваша честь. Я не отрицаю своей вины. Самым великим моим заблуждением было, что я имею право на дополнительный заработок, поскольку сижу дома и ухаживаю за своими малолетними детьми…

– Меня интересует ваше отношение к предъявленному обвинению, – перебил её его честь.

– Простите меня, я нарушила существующие нормы законодательства, но сделала это неумышленно. Но они имели место быть. И если в результате этих нарушений дети пострадали, я считаю, что должна понести наказание. Потерпевший был замечательный и чудесный ребёнок, я не знаю, какие мои извинения смогут его вернуть.

В результате суд посчитал возможным назначить наказание, не связанное с изоляцией подсудимой от общества. Суд приговорил: Веру Байбородину признать виновной в совершении преступления, предусмотренного пунктом «б» части второй статьи 238, и назначить ей лишение свободы сроком на три года условно. Однако, в связи с амнистией, посвящённой 70-летию Победы в Великой Отечественной войне, от наказания её освободить. Судимой Вера пробыла менее одной минуты.