Иркутск и посёлок Селенгинск в Бурятии продолжают оставаться в приоритетном списке городов с очень высоким уровнем загрязнения атмосферного воздуха. В Шелехове, Усолье-Сибирском, Черемхове (Иркутская область), Улан-Удэ (Бурятия), Петровске-Забайкальском (Забайкальский край) уровень загрязнения атмосферы был высоким, в Ангарске – повышенным. Как и в предыдущем году, в 2012 году уровень загрязнения воздуха в Центральной экологической зоне – Байкальске, Слюдянке, Листвянке, Култуке – был низким. 

Сбросы сточных вод в центральной и буферной экологических зонах БПТ составили 461,5 млн. м3 (в 2011 году – 400,5 млн. м3, в 2010 году – 422,7 млн. м3, в 2009 году – 335,5 млн. м3, в 2008 году – 527 млн. м3). Более 99,3% объёма сбросов сточных вод в прошлом году формировали предприятия Бурятии и Байкальский целлюлозно-бумажный комбинат. Объём производства предприятия составил 67,5 тыс. тонн целлюлозы. Сброс сточных вод в Байкал с очистных сооружений ОАО «БЦБК» был 37 920 тыс. м3, что на 11,21 млн. м3 (или 42%) больше, чем годом ранее. Масса сброса отдельных загрязнителей увеличилась в несколько раз: нитратов – в 2,3 раза, хлороформа – в 3,9 раза. Объём выбросов в атмосферу БЦБК составил 5,486 тыс. тонн, что в 1,8 раза больше, чем в предыдущем году (2,997 тыс. тонн). Выбросы оксидов серы выросли в 2,6 раза, оксидов азота – в 1,4 раза. Выбросы ряда дурнопахнущих газов, характерных для производства целлюлозы, увеличились в разы, например метилмеркаптана – в 2,8 раза, метанола – в 3,8 раза. При этом производство товарной продукции возросло всего на 12,8%. На ОАО «Байкальский ЦБК» за год скопилось 73,127 тыс. тонн отходов (в 2011 г. – 56 тыс. т). Для хранения накопленных за период его работы отходов задействовано два полигона суммарной площадью 154 га, на которых расположены как действующие, так и выведенные из эксплуатации карты-накопители шлам-лигнина. Суммарный накопленный объём отходов превышает 6 млн. тонн. Решением Арбитражного суда Иркутской области от 20 декабря по делу № А19-10986/09-60 ОАО «Байкальский ЦБК» признан банкротом. Последняя варка целлюлозы произошла 13 сентября 2013 года.

Всего отходов производства и потребления в центральной и буферной экологических зонах Байкальской природной территории за год скопилось 83,478 млн. тонн (в 2011 г. – 70,4 млн., в 2010 г. – 31,1 млн., в 2009 г. – 33,4 млн., в 2008 г. – 28,7 млн.). Количество образовавшихся отходов увеличилось в основном за счёт роста объёма вскрыши и добычи угля на ОАО «Разрез Тугнуйский» Олонь-Шибирского каменноугольного месторождения, (Петровск-Забайкальский район Забайкальского края и Мухоршибирский район Республики Бурятия) и ООО «Угольный разрез» Окино-Ключевского угольного месторождения (Бичурский район Бурятии).

Состояние окружающей среды на участке зоны БАМа, расположенном в границах БПТ, остаётся удовлетворительным. В 2012 году не было ни одного случая чрезвычайных экологических ситуаций, залповых или аварийных сбросов и выбросов в атмосферу. 

В 2012 году на территориях Улан-Удэнского и Нижнеселенгинского промышленных узлов интенсивность загрязнения подземных вод, как и в прежние годы, оставалась высокой. На территории Гусиноозёрского промышленного узла продолжалось загрязнение подземных вод маломощного четвертичного и нижнемелового водоносных горизонтов на участках размещения Гусиноозёрской ГРЭС (золоотвалов, промышленной площадки, подсобного хозяйства). На территории Закаменского промышленного узла негативное воздействие на поверхностные и подземные воды продолжали оказывать объекты недействующего Джидинского ГОКа – отвалы горных пород, хвостохранилища.